Αξιόλογη προϊστορική εγκατάσταση στις υπώρειες της Πάρνηθας είναι η «Αφίδνα» ή «αι Αφίδναι». Περιλαμβάνεται και αυτή, στις δώδεκα πόλεις που ίδρυσε ο βασιλιάς Κέκροπας. Ως ακρόπολη των Αφιδνών εκλαμβάνεται ο λόφος Κοτρώνι, ανατολικά της σημερινής κοινότητας Αφιδνών, αλλά η ονομασία σε πληθυντικό αριθμό (Αφίδναι), δηλώνει περισσότερους του ενός οικισμούς.

Στην οχυρωμένη Ακρόπολη της Αφίδνας κρατούσε ο Θησέας την Ελένη, που είχε απαγάγει από τη Σπάρτη με τη βοήθεια του φίλου του Πειρίθου. Οι Διόσκουροι κατέλαβαν την Αφίδνα και μετέφεραν στη Σπάρτη εκτός από την Ελένη και τη μητέρα του Θησέα, Αίθρα.

Από την Αφίδνα κατάγονταν επίσης ο Αρμόδιος και ο Αριστογείτων, οι περίφημοι τυραννοκτόνοι, οι οποίοι σκότωσαν τον Ίππαρχο, γιο του Πεισίστρατου, τυράννου των Αθηνών (Αριστοτέλους Αθ. Πολιτεία 18,3,1).

Από τις Αφίδνες καταγόταν και ο πολέμαρχος της μάχης του Μαραθώνα Καλλίμαχος, ο οποίος έπεσε κατά τη διάρκεια της μάχης.

Η Αφίδνα κατά την ιστορική εποχή ήταν από τους μεγαλύτερους δήμους της Αττικής.

Η σημερινή Κοινότητα Αφιδνών εκτείνεται στη ΒΑ πλευρά της Πάρνηθας σε υψόμετρο 280μ-420μ. Αρχικά υπαγόταν ως συνοικισμός Κιούρκα στο Δήμο Μαραθώνος (1845). Λεγόταν και Κιουρκάτι. Η ονομασία προέρχεται από την αρβανίτικη φάρα του Κιούρκα. Αναγνωρίστηκε ως ανεξάρτητη Κοινότητα Κιούρκα το 1912 και μετονομάστηκε Αφίδνη το 1919. Στην απογραφή του 1920, ως Κοινότητα Αφίδνης είχε 903 κατοίκους (821 η Αφίδνη και 82 το Λιοσάτι).

Στη δεκαετία του ’70 δημιουργείται ο Οικοδομικός Συνεταιρισμός Υγειονομικών Διεθνής Ιπποκράτειος Πολιτεία και ο πρότυπος οικισμός της, από τέσσερις αξιόλογους οραματιστές. Δύο γιατρούς τον Γεώργιο Κράτσα και Σπύρο Δοκουμεντζίδη και τον Νίκο Σταμπολίτη και Γεώργιο Νάστο δύο φτωχόπαιδα που με τις προσπάθειές τους εργαζόμενοι τη μέρα ίδρυσαν το πρώτο νυχτερινό γυμνάσιο της Αθήνας, το τελείωσαν και σπούδασαν ο ένας Νομική και έγινε Νομικός Σύμβουλος στον Ιατρικό Σύλλογο Αθηνών και ο άλλος την Ανωτάτη Εμπορική Σχολή και έγινε οικονομολόγος και επιχειρηματίας.   

Το 1975 πριν τη έγκριση του νέου Συντάγματος της χώρας δημιουργήθηκε με Υπουργική Απόφαση ο Πρότυπος Οικισμός με αυστηρά πλαίσια, της Διεθνούς Ιπποκρατείου Πολιτείας, σε έκταση 7.500 στρεμμάτων, με μέσο υψόμετρο 600μ., στις παρυφές της Πάρνηθας κάτω από τη κορυφή Μπελέτσι (Φελλεύς κατά την αρχαία ονομασία του με υψόμετρο 840μ.) και στη περιοχή γύρω από τη μεταβυζαντινή εκκλησία της Αγίας Τριάδας.  Ήταν η τελευταία άδεια κατάτμησης μέσα σε δάσος, που δόθηκε πριν την εφαρμογή του νέου Συντάγματος του 1975, με το οποίο απαγορεύτηκαν εντελώς οι κατατμήσεις. Έτσι ένας νέος οικισμός ήρθε να προστεθεί υπό την αιγίδα της Κοινότητας Αφιδνών. Παρόλα αυτά, μία κάπως συστηματική οικοδομική δραστηριότητα στην Ιπποκράτειο Πολιτεία, άρχισε πρακτικά στη διάρκεια της δεκαετίας του 1990. Στην απογραφή του 1991 είχε 40 κατοίκους.

Στην απογραφή του 2001 η Κοινότητα Αφιδνών εμφανίζεται με 2422 μόνιμους κατοίκους (1653 οι Αφίδνες, 323 ο Σταθμός Αφιδνών, 170 ο Κοκκινόβραχος, 143 η Δροσοπηγή, 84 η Ιπποκράτειος Πολιτεία και 49 η Κοσμοθέα.
Υπάγεται στη Νομαρχία Ανατολικής Αττικής.